El Comité funciona en la Dirección de Docencia e Investigación, tiene independencia operativa para ejercer sus funciones y se ha dado un estatuto que rige su estructura y funcionamiento operativo.
Está organizado en cuatro Comisiones: Consultiva, Investigación, Educativa y Normativa.
La Comisión Consultiva atiende las consultas acerca de situaciones clínicas que presentan conflictos morales en la toma de decisión.
La consulta la efectúan los médicos intervinientes, cualquier trabajador de la salud no médico y pacientes.
Se reúne semanalmente y pueden ser convocados dos o más miembros cuando es requerido por una consulta urgente. Las opiniones de la comisión se transcriben en la historia clínica, se solicita la presencia obligatoria del profesional en la reunión donde se discute el caso y sus decisiones no tienen fuerza vinculante. La Comisión esta a cargo de un coordinador médico.
En oportunidades especiales en que intervienen más de una especialidad en el caso consultado o cuando la índole del tema lo justifica, se organizan ateneos abiertos en donde se originó la consulta. Allí concurre el Comité de Ética para una discusión general.
La Comisión de Investigación analiza los protocolos de investigación que se presentan en el Hospital a través de la Dirección de Docencia e Investigación. El 90 % de los protocolos se refieren a investigación de nuevos fármacos.
Todos los protocolos son analizados por cuatro personas: dos médicos, un trabajador de la salud no médico y un representante de la comunidad.
El examen de cada uno de ellos tiene en cuenta la ética en el diseño del protocolo, el riesgo-beneficio para el paciente, la adecuada información al sujeto de investigación y el correspondiente consentimiento informado.
La decisión de la Comisión es vinculante y la Dirección de Docencia e Investigación aprueba la realización del ensayo sólo después del informe satisfactorio del Comité.
La Comisión Educativa programa y estimula la autoformación de los integrantes del Comité en temas de bioética y atiende a la organización de cursos anuales, como el dedicado a los Residentes de todo el Hospital.